研究人员发现，CRISPR/Cas9的脱靶效应往往与sgRNA有关。除了直接编辑靶向位点外，sgRNA还可能会容忍5到6个错配碱基，或因缺失或多出碱基导致非靶向切割。这些潜在的脱靶位点在基因组中有成千上万，因此全面评估全基因组范围内的脱靶效应成为了一项重要挑战。

在此背景下，新葡萄8883官网AMG团队基于全基因组测序和生物信息学预测，开发了一个技术方案，用于分析基因组中由脱靶效应引起的单核苷酸突变（SNV）、插入缺失变异（Indels）、拷贝数变异（CNV）和结构变异（SV）。近年来，基因组测序已被广泛用于检测脱靶效应。Kevin等人（2021）通过全基因组测序和生物信息学分析评估了Cas9的脱靶风险。他们对163个sgRNA在基因编辑小鼠与对照小鼠中的基因组序列和结构变异进行了比较，并利用Cas-OFFinder预测了这些sgRNA在基因组中的556266个潜在脱靶位点。通过分析变异信息与潜在脱靶位点的交集，他们检测到28个脱靶位点，其中9个通过Sanger测序验证为真实脱靶位点。这表明尽管真正的脱靶效应仅占潜在脱靶的一小部分，但相关风险仍不容忽视。

基于基因编辑的脱靶特性，新葡萄8883官网AMG研发团队结合基因组测序推出了全基因组脱靶检测服务。我们采用mutect2作为变异分析工具，通过比对基因编辑组和对照组的测序数据，鉴定出基因编辑组中的SNV和Indels变异。此外，我们还使用Cas-OFFinder来预测潜在脱靶位点，该工具能够分析sgRNA与基因组之间的匹配情况。通过将mutect2的变异分析结果与Cas-OFFinder的潜在脱靶位点进行交集分析，可以准确确定编辑后的脱靶位点。

除了对脱靶效应的分析，新葡萄8883官网AMG还使用CNVkit和manta两种生物信息学分析工具来进行更深入的研究。CNVkit可识别基因组中的拷贝数变化，而manta则能够检测插入、缺失及易位等染色体结构变异类型。这些结果有助于全面了解基因编辑导致的染色体结构变异。

与传统的GUIDE-seq体内检测相比，全基因组脱靶检测不依赖于寡核苷酸（ODN）插入，这提供了一种更加灵活且便捷的检测方法。同时，它还能够分析染色体的大面积变异，帮助科研人员全面评估基因编辑的效果和潜在风险。作为国内首家提供脱靶检测服务的公司，新葡萄8883官网AMG可提供全基因组脱靶检测、GUIDE-seq体内脱靶检测、AID-seq体内脱靶检测等多种专业服务。如有需求，欢迎随时咨询。